Chaque Service de santé au travail interentreprises élabore au sein de sa Commission médico-technique un Projet de service pluriannuel qui définit les priorités d'action du service. Elles sont orientées selon l'analyse des besoins des entreprises et des salariés suivis. Il est soumis à l'approbation du Conseil d'administration et à l’avis consultatif de la Commission de contrôle.

Chaque Service de santé au travail fait l'objet d'un agrément, pour une période maximale de cinq ans, délivré par la Direction régionale des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi (DIRECCTE) après avis du Médecin inspecteur du travail. L'agrément fixe l'effectif maximal de salariés suivis par équipe pluridisciplinaire de santé au travail ainsi qu'une compétence géographique et professionnelle. L'agrément de PST a été renouvelé début 2016 pour une durée de cinq ans.

Certaines priorités de PST sont définies dans le cadre d'un Contrat pluriannuel d'objectifs et de moyens (CPOM) conclu entre le service, d'une part, l'autorité administrative et les organismes de sécurité sociale compétents, d'autre part, après avis des organisations d'employeurs, des organisations syndicales de salariés représentatives au niveau national et des agences régionales de santé.
Ces priorités découlent des orientations de la politique nationale, de sa déclinaison régionale, tout en tenant compte des réalités locales en matière de protection, de promotion de la santé et de la sécurité au travail, d'amélioration des conditions de travail.
Le CPOM s’appuie sur le Projet de service.